Ο Νίκος Τεμπονέρας δολοφονήθηκε το 1991 σε ηλικια 38 ετών απο μέλη της ΟΝΝΕΔ επι κυβερνήσεως Νέας Δημοκρατίας, με πρωθυπουργό τον Κωνσταντίνο Μητσοτάκη και Υπουργό Παιδείας τον Βασίλη Κοντογιαννόπουλο.
Ήταν καθηγητής μαθηματικών σε Λύκειο της Πάτρας και στέλεχος του Εργατικού Αντιμπεριαλιστικού Μετώπου (ΕΑΜ).
Εκείνο το διάστημα ήταν υπό κατάληψη περίπου το 3/4 των σχολείων της χώρας εξαιτίας της συντηρητικής εκπαιδευτικής μεταρρύθμισης που προωθούσε η κυβέρνηση με πολυνομοσχέδι: κατάργηση αδικαιολόγητων απουσιών, επιβολή σχετικά ομοιόμορφης ενδυμασίας, έμμεσου πειθαρχικού ελέγχου της εξωσχολικής ζωής, και αναφορικά με τα ΑΕΙ λειτουργία ιδιωτικών πανεπιστημιων, περικοπές κοινωνικών παροχών σε φοιτητές κ.ά.
Κάποιοι γονείς και στελέχη νεολαιών (κυρίως της ΟΟΝΕΔ) ζητούσαν τον τερματισμό των καταλήψεων. Στις 10:30 το βράδυ, στις 8 Ιανουαρίου του 1991, μέλη της ΟΝΝΕΔ προσπάθησαν να ανακαταλάβουν το 3ο Γυμνάσιο – Λύκειο Πάτρας. Κατά τη διάρκεια συμπλοκής που επακολούθησε βρέθηκε νεκρός, χτυπημένος με σιδηρολοστό στο κεφάλι, ο καθηγητής του σχολείου Νίκος Τεμπονέρας. Ο Τεμπονέρας είχε προστρέξει να βοηθήσει τους καταληψίες μαθητές του.
Την επομένη, ο Υπουργός Παιδείας Βασίλης Κοντογιαννόπουλος υπέβαλε την παραίτησή του. Ο Ανδρέας Παπανδρέου και το ΠΑΣΟΚ τον κατήγγειλε ως ηθικό αυτουργό της δολοφονίας του Τεμπονέρα, πλην ομως αργότερα ο Σημίτης τον έκανε στέλεχος. Στο υπουργείο Παιδείας τοποθετήθηκε ο Γιώργος Σουφλιάς που απέσυρε το επιμαχο νομοσχέδιο
Δύο μέρες μετά σε μεγάλο συλλαλητήριο στην Αθήνα και στη διάρκεια επεισοδίων έπιασε φωτιά το πολυκατάστημα «Κάπα-Μαρούσης» στην οδό Πανεπιστημίου, με αποτέλεσμα να βρουν τον θάνατο τέσσερις άνθρωποι. (Την πυρκαϊά προκάλεσε καπνογόνο της Αστυνομίας)
Ως δράστες της δολοφονίας Τεμπονέρα συνελήφθησαν και προφυλακισθηκαν ο πρόεδρος της ΟΝΝΕΔ Αχαΐας και δημοτικός σύμβουλος Ιωάννης Καλαμπόκας, και το μέλος της τοπικής ΟΝΝΕΔ Αλέκος Μαραγκός. Ο Αλέκος Μαραγκός απαλλάχθηκε με βούλευμα και καταδικάσθηκε μόνον ο Ιωάννης Καλαμπόκας. Η πρωτόδικη ποιινή ήταν ισόβια για ανθρωποκτονία εκ προθέσεως, χωρίς να του αναγνωρισθεί κανένα ελαφρυντικό αλλά έμεινε στη φυλακή εν τέλει 7 χρόνια. Στο δευτεροβάθμιο συγκεκριμένα του αναγνώρισαν ελαφρυντικά και τον καταδίκασαν σε κάθειρξη 17 ετών και τριών μηνών. Το 1996 άσκησε αναίρεση, προκειμένου να του αναγνωρισθεί το ελαφρυντικό του «βρασμού ψυχικής ορμής», αλλά δεν τα κατάφερε. Στις 2 Φεβρουαρίου 1998 αφέθηκε ελεύθερος, αφού εξέτισε τα 3/5 της ποινής του. Μέχρι σήμερα ισχυρίζεται ότι είναι αθώος και ότι δράστης της δολοφονίας Τεμπονέρα ήταν ο Αλέκος Μαραγκός.
Το 3ο Λύκειο Πάτρας, τόπος του φονικού, φέρει το όνομα του Νίκου Τεμπονέρα.
